Thuộc sở hữu của tập đoàn T&T, câu lạc bộ ra mắt vào ngày 18 tháng 6 năm 2006. Ba mùa bóng đầu tiên trong lịch sử tồn tại của mình, từ một đội bóng gồm đa số các cầu thủ trẻ do huấn luyện viên Triệu Quang Hà (cựu cầu thủ đội tuyển bóng đá Việt Nam và câu lạc bộ Thể Công) dẫn dắt, đội đã liên tiếp thăng ba hạng, từ hạng ba lên hạng nhì, cuối cùng là hạng nhất trước khi giành quyền thi đấu ở V-League 2009.[3]

Thời kì đầu (2006–2009)

Ngay mùa bóng đầu tiên ra mắt, câu lạc bộ T&T Hà Nội đã giành quyền lên chơi tại hạng Nhì quốc gia 2007 sau khi vượt qua Phú Yên 4–3 trên loạt sút luân lưu ở vòng chung kết của giải (không có trận chung kết, T&T Hà Nội cùng Quân khu 9 đồng hạng nhất).[4]

Giải bóng đá hạng Nhì Quốc gia 2007 gồm 16 đội, chia làm ba bảng đấu theo khu vực. T&T Hà Nội với tư cách là đội duy nhất từ hạng Ba mới lên, nằm chung bảng A với 4 đội khác. Tại vòng bảng, sau khi khá vất vả vượt qua Quang Minh DEC, đội chiếm được vị trí nhất bảng và lọt vào bán kết. T&T Hà Nội tiếp tục vượt qua Ngói Đồng Tâm Long An (đội dự bị của Đồng Tâm Long An) để vào chung kết gặp Quân khu 7. Dù để thua Quân khu 7 2–4 trên loạt sút luân lưu (hòa 1–1 trong hai hiệp chính), đội vẫn giành quyền lên hạng Nhất năm 2008 với tư cách là một trong hai đội xếp hạng cao nhất giải hạng Nhì.[5]

Bước vào mùa giải hạng Nhất năm 2008, câu lạc bộ được đầu tư lớn (hơn 10 tỷ đồng) với mục tiêu thăng hạng chuyên nghiệp ngay trong mùa bóng này.[6] Đội bóng đã chiêu mộ hàng loạt tuyển thủ như: thủ môn đội tuyển quốc gia Dương Hồng Sơn, các cựu cầu thủ đội tuyển quốc gia Phạm Như Thuần, Văn Sỹ Sơn, tuyển thủ U-23 quốc gia Nguyễn Thành Long Giang (cầu thủ 2 năm liền được bầu là Cầu thủ trẻ xuất sắc nhất của giải thưởng Quả bóng vàng Việt Nam), cùng một số cầu thủ nước ngoài như các cầu thủ Brasil Cristiano, Casiano...

Câu lạc bộ khởi đầu giải hạng Nhất khá tốt, tuy chưa lần nào lên ngôi đầu bảng nhưng thường xuyên nằm trong nhóm 3 đội dẫn đầu. Kết thúc lượt đi, với phong độ ổn định, Hà Nội T&T đã chiếm ngôi đầu bảng. Vào ngày 16 tháng 8 năm 2008, T&T Hà Nội đã vượt qua Quân khu 5 với tỷ số 4–2, đồng thời Cao su Đồng Tháp (đối thủ trực tiếp của T&T Hà Nội) để thua trước Than Quảng Ninh, do đó T&T Hà Nội chính thức lên hạng chuyên nghiệp V-League 2009 cùng với Quân khu 4 sớm một vòng đấu.

V-League 2009

Kết thúc giai đoạn lượt đi, Hà Nội T&T thi đấu không thuyết phục và đứng cuối bảng xếp hạng (ở những mùa giải trước đó, hầu hết các đội xếp chót bảng lượt đi đều xuống hạng khi kết thúc mùa giải). Để cải thiện phong độ, huấn luyện viên Triệu Quang Hà đã bị sa thải cùng với chủ tịch câu lạc bộ Lâm Hồng Điệp; thay vào đó là hai gương mặt mới: huấn luyện viên Nguyễn Hữu Thắng và chủ tịch mới Nguyễn Quốc Hội - một thành viên ban lãnh đạo công ty T&T. Câu lạc bộ cũng ráo riết tuyển mộ các cầu thủ ngoại để cạnh tranh suất trụ hạng, và đã tuyển mộ được tiền đạo Agostinho - người bị Hoàng Anh Gia Lai thanh lý hợp đồng do vi phạm kỷ luật.

Với những sự thay đổi kịp thời cùng sự đầu tư từ ông chủ câu lạc bộ Đỗ Quang Hiển, Hà Nội T&T đã thi đấu rất thành công và có thời điểm trở thành ứng cử viên vô địch V-League. Đội bóng khép lại mùa giải vị trí thứ 4.

Thời kì HLV Phan Thanh Hùng (2010–2015)

Sau hai tháng làm việc, Hà Nội T&T quyết định chấm dứt hợp đồng với chiến lược gia người Bồ Đào Nha Nicolau Barbosa Vaqueiro, do các phương pháp huấn luyện của Vaqueiro bị xem là thiếu phù hợp với các cầu thủ Việt Nam. Chiều tối ngày 11 tháng 1 năm 2010, câu lạc bộ bất ngờ thông báo bổ nhiệm Phan Thanh Hùng - trợ lý của huấn luyện viên Henrique Calisto - làm huấn luyện viên trưởng trước thời điểm khởi tranh V-League đúng 20 ngày. Hà Nội T&T giành được chức vô địch sau trận hòa 0–0 trước Navibank Sài Gòn ở vòng đấu 25, kết thúc mùa giải V-League với 46 điểm, hơn đội về nhì Xi măng Hải Phòng 1 điểm. Chức vô địch của Hà Nội T&T đã chấm dứt 12 năm cơn khát danh hiệu vô địch quốc gia của bóng đá Hà Nội (lần gần nhất 1 đội bóng đóng trên địa bàn Hà Nội vô địch quốc gia là Thể Công năm 1998). Còn nếu xét trên góc độ đội bóng của địa phương thì chức vô địch của Hà Nội T&T đã chấm dứt 26 năm không danh hiệu vô địch quốc gia của bóng đá Hà Nội (lần gần nhất 1 đội bóng của Hà Nội vô địch quốc gia là Công an Hà Nội năm 1984).

Mùa giải 2012, Hà Nội T&T giành ngôi á quân. Sau khi mất chức vô địch vào tay SHB Đà Nẵng, bầu Thụy của Xuân Thành Sài Gòn nói: "Làm bóng đá, đầu tư bóng đá tốn kém rất nhiều mà bị chèn ép. Ai cũng thấy đội Sài Gòn Xuân Thành của tôi bị một đội ôm chân, còn một đội thì được bơm điểm. Đánh kiểu đấy thì ai đánh lại. Tôi sẽ nghỉ và bỏ bóng đá vì sân chơi này bất công quá mà các anh ở VFF biết nhưng cứ để nó hủy hoại".[7][cần định rõ]

Mùa giải 2013, Hà Nội T&T đã lên ngôi vô địch trước một vòng đấu sau chiến thắng 2–1 trước Đồng Tâm Long An. Đây cũng là mùa giải mà bộ đôi tiền đạo Gonzalo và Samson đã thi đấu xuất sắc với 28 bàn tổng cộng, qua đó cùng nhau giành danh hiệu vua phá lưới.

Hai mùa bóng 2014, 2015 đánh dấu sự vươn lên của thế lực mang tên Becamex Bình Dương, đây cũng là giai đoạn đánh dấu sự chuyển giao thế hệ của đội bóng khi những Duy Mạnh, Văn Thành, Minh Long được đôn lên đội một cùng với sự ra đi của thủ môn Lê Văn Nghĩa, tiền vệ Sỹ Cường...

Kỷ nguyên Chu Đình Nghiêm (2016–2021)

Mùa giải Toyota V.League 1 2016 chứng kiến nhiều biến động của Hà Nội T&T khi thay đổi huấn luyện viên đến hai lần. Lần đầu vào thời điểm chỉ cách một tuần trước mùa giải mới khi huấn luyện viên Phan Thanh Hùng tuyên bố từ chức[8] và huấn luyện viên của đội U-21 Hà Nội T&T khi ấy Phạm Minh Đức được lựa chọn thay thế. Tuy nhiên, sau khi đoàn quân của huấn luyện viên Phạm Minh Đức khởi đầu mùa giải đáng thất vọng khi chỉ giành được 1 điểm sau 4 lượt trận đầu tiên và xếp chót bảng, câu lạc bộ quyết định đưa trợ lý Chu Đình Nghiêm lên tiếp quản chiếc ghế nóng vào ngày 17 tháng 3 năm 2016. Sự thay đổi này đã giúp đội bóng cải thiện rõ rệt về lối chơi và kết quả, từ đó đội dần bước lên đỉnh bảng khi giải đấu chỉ còn 2 vòng. Ở vòng đấu áp chót và buộc phải thắng để nuôi hy vọng vô địch, Hà Nội T&T chơi đầy quả cảm để giành trọn 3 điểm trước Than Quảng Ninh với bàn thắng duy nhất của Văn Quyết. Thắng lợi 2–0 trước FLC Thanh Hóa nhờ cú đúp của Gonzalo ở vòng đấu cuối cùng đã giúp Hà Nội T&T có lần thứ ba nâng cao chiếp cúp vô địch V.League khi bằng điểm và chỉ hơn Hải Phòng ở chỉ số phụ. Ở đấu trường Cúp Quốc gia, đội bóng áo tím chỉ có thể giành được vị trí á quân sau khi để thua đáng tiếc trước Than Quảng Ninh trên sân nhà Hàng Đẫy với tỉ số 1-2.

Cuối năm 2016, câu lạc bộ Hà Nội T&T đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá Hà Nội,[9][10] và được Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội thí điểm bàn giao quản lý sân vận động Hàng Đẫy kể từ đó.[11] Trước thềm mùa giải 2017, nhằm chuẩn bị lực lượng cho nhiều mặt trận, đội đã đưa về những ngoại binh chất lượng là Moses Oloya (đang là thành viên của đội tuyển quốc gia Uganda) hay Alvaro Silva (thành viên của đội tuyển quốc gia Philippines), bên cạnh lực lượng cầu thủ rất tốt và đang vào độ chín của sự nghiệp. Tuy nhiên, mùa giải 2017 lại kết thúc một cách đầy thất vọng với đội bóng áo tím khi họ chỉ cán đích ở vị trí thứ 3 chung cuộc tại V.League dù nắm trong tay lợi thế rất lớn khi thắng tối thiểu 1–0 trước QNK Quảng Nam (đội lên ngôi vô địch sau đó) ở vòng đấu áp chót nhưng lại hòa 4–4 trước Than Quảng Ninh ở vòng đấu cuối. Ở đấu trường Cúp Quốc gia và AFC Cup, đội bóng cũng thể hiện một màn trình diễn tầm thường khi bị Sông Lam Nghệ An loại từ vòng 1/8 Cúp Quốc gia và bị loại từ vòng bảng sau trận thua toàn diện 2–6 trước Ceres–Negros của Philippines.

Nhờ hiệu ứng mạnh mẽ từ thành công của đội tuyển U-23 Việt Nam tại giải châu Á với nòng cốt là những cầu thủ Hà Nội trải dài cả 3 tuyến, các khán giả thủ đô đã dần quan tâm tới đội bóng. Đội đã bắt đầu mùa giải 2018 với chiến thắng nhọc nhằn 1–0 trước Hải Phòng trên sân nhà Hàng Đẫy rồi thắng áp đảo 5–0 trước Hoàng Anh Gia Lai trong trận đấu mà sân Hàng Đẫy đạt tới giới hạn 25.000 khán giả. Đội bóng áo tím sau đó đã băng băng về đích và lên ngôi vô địch trước 5 vòng đấu với 64 điểm cùng 72 bàn thắng được ghi, cùng với đó là hàng loạt kỷ lục của giải đấu bị xô đổ (vô địch sớm nhất - trước 5 vòng đấu, giành nhiều điểm nhất, nhiều trận thắng nhất, ghi nhiều bàn thắng nhất...).[12] Tuy vậy, mùa giải 2018 đã kết thúc không trọn vẹn với Hà Nội khi họ lại lỡ hẹn với Cúp Quốc gia khi để Becamex Bình Dương loại sau hai lượt trận (tổng tỉ số 3–3 và đội bóng áo tím bị loại do luật bàn thắng sân khách).

Trước thềm mùa giải 2019, câu lạc bộ Hà Nội đã đưa về một loạt những cầu thủ chất lượng là thủ môn đội tuyển quốc gia Bùi Tiến Dũng cùng tiền đạo Pape Omar từ Thanh Hóa và trung vệ Brandon McDonald từ Penang. Đội cũng chia tay với Dương Hồng Sơn, Duy Khánh, Văn Thành và thủ môn Trần Anh Đức giải nghệ. Đội bóng áo tím khởi đầu mùa giải bằng chiến thắng 1–0 trước Bangkok United (Thái Lan) tại trận play-off AFC Champions League 2019. Tuy vậy, ở trận play-off thứ 2, khi phải đối đầu với một đội bóng vượt trội về đẳng cấp từ Trung Quốc là Sơn Đông Lỗ Năng, đội bóng đã chịu thất bại 1–4 dù có bàn thắng dẫn trước và một thế trận vượt trội so với đối thủ trong hiệp đấu đầu tiên. Thất bại này đã khiến Hà Nội phải tìm kiếm cơ hội của mình tại đấu trường AFC Cup.

Mùa giải quốc nội của đội bóng áo tím bắt đầu với trận thắng 2–0 trước Becamex Bình Dương trong trận tranh Siêu cúp Quốc gia. Ở trận đấu ra quân của họ tại V.League 2019, đội đã giành chiến thắng giòn giã 5–0 trước Than Quảng Ninh. Tuy nhiên, toàn đội đã phải trải qua một cuộc đua vô địch khó khăn hơn nhiều so với mùa giải trước bởi mật độ thi đấu dày đặc khi họ phải căng sức trên khắp các mặt trận V.League 1, Cúp Quốc gia và AFC Cup, đặc biệt là sự vươn lên của thế lực mới Thành phố Hồ Chí Minh. Bên cạnh đó, đội còn thiếu vắng những trụ cột như Đình Trọng, Oseni do chấn thương nặng cùng với sự ra đi của tiền đạo nhập tịch Hoàng Vũ Samson. Ở giai đoạn nước rút, câu lạc bộ đã bổ sung thêm trung vệ Đinh Tiến Thành từ Thanh Hóa, tiền đạo người Pháp Papa Ibou Kébé và trung vệ người Iran Sajjad Moshkelpour. Tuy vậy đội lại liên tục đánh rơi điểm số ở những phút cuối trước những đối thủ dưới tầm như Hoàng Anh Gia Lai, Sanna Khánh Hòa Biển Việt Nam hay thậm chí cả đối thủ trực tiếp cạnh tranh cho chức vô địch là Thành phố Hồ Chí Minh. Nhưng màn bứt tốc đầy ngoạn mục ở các vòng đấu sau đó đã giúp đội bóng bứt lên và cuối cùng đăng quang sớm 2 vòng đấu bằng thắng lợi trước Sông Lam Nghệ An trên sân khách. Với 5 chức vô địch, Hà Nội đã trở thành đội bóng vô địch V.League nhiều nhất kể từ khi giải Vô địch Quốc gia chính thức đi vào chuyên nghiệp hóa vào mùa giải 2000–01.

Tại đấu trường Cúp Quốc gia, đội lần lượt đánh bại Hồng Lĩnh Hà Tĩnh, Dược Nam Hà Nam Định và thắng thuyết phục 3–0 trước hiện tượng Thành phố Hồ Chí Minh. Ở trận chung kết, dù phải thi đấu trên sân khách và trong điều kiện thời tiết xấu, nhưng bằng bản lĩnh và đẳng cấp của đội bóng lớn cùng sự tỏa sáng đúng lúc của những ngôi sao, các bàn thắng của Văn Quyết và Ibou Kébé đã giúp họ vượt qua Quảng Nam và lên ngôi vô địch Cúp Quốc gia 2019, qua đó bổ sung danh hiệu duy nhất còn thiếu sau nhiều lần lỡ hẹn.

Ở cấp độ châu lục, Cúp AFC, đội đã vượt qua vòng bảng với vị trí nhất bảng F rồi lần lượt đánh bại những Ceres-Negros, Becamex Bình Dương, Altyn Asyr trước khi bị loại đầy tiếc nuối bởi 4.25 SC do luật bàn thắng sân khách.

Mùa giải 2020, Hà Nội đã chia tay tiền đạo Oseni và Hoàng Vũ Samson để bổ sung tiền đạo Rimario và gọi về một loạt cầu thủ trẻ đầy tiềm năng từ Hồng Lĩnh Hà Tĩnh. Ở trận đấu muộn nhất vòng 3, đội bóng áo tím giành chiến thắng dễ dàng và thuyết phục trên sân nhà Hàng Đẫy trước Hoàng Anh Gia Lai nhờ cú đúp của tân binh Rimario và bàn thắng mở tỷ số của Văn Quyết. Đáng nói, đây là trận đấu V.League diễn ra trước sự trở lại hoành tráng của hàng nghìn khán giả sau khi phải thi đấu trên sân nhà không có khán giả ở những vòng đấu cuối V.League 2019 (do án phạt từ việc cổ động viên Nam Định đốt pháo sáng) và vòng đầu V.League 2020 (do ảnh hưởng bởi đại dịch COVID-19). Tuy vậy mùa giải lại trở nên hết sức khó khăn với toàn đội khi những trụ cột liên tục dính chấn thương rất nặng, đặc biệt là những trụ cột quan trọng do phải liên tục cày ải ở cả cấp câu lạc bộ và đội tuyển quốc gia. Lần lượt Duy Mạnh, Đình Trọng, Pape Omar, Đức Huy hay thủ môn Phí Minh Long gia nhập vào danh sách chấn ththương của đội, trong khi những cầu thủ còn lại thường xuyên không đạt được thể trạng tốt nhất. Có thời điểm, đội chỉ còn 10 cầu thủ để tập và huấn luyện viên Chu Đình Nghiêm phải đưa cầu thủ trẻ lên tập chiến thuật cho đủ quân số. Điều này khiến đội bóng áo tím liên tục đánh mất những điểm số quan trọng trước các đối thủ trực tiếp, kể cả những đội bóng dưới cơ. Trước sự sứt mẻ đội hình nghiêm trọng, ban lãnh đạo đội bóng đã quyết định bổ sung gấp hai bản hợp đồng là thủ môn Tấn Trường và tiền vệ Tấn Tài, cùng với đó là gọi trở lại Đoàn Văn Hậu từ SC Heerenveen sau 1 năm cho mượn. Sang giai đoạn 2, câu lạc bộ đã thể hiện sự áp đảo trước Hoàng Anh Gia Lai trên sân khách hay có được chiến thắng tưng bừng tại Hàng Đẫy trước Sài Gòn. Ở những vòng đấu cuối cùng, dù đã cố gắng đòi lại vị trí dẫn đầu từ Viettel khi đánh bại Than Quảng Ninh nhưng đội của huấn luyện viên Trương Việt Hoàng đã bảo toàn tỉ số 1-0 trước Sài Gòn để lên ngôi vô địch nên đội bóng của HLV Chu Đình Nghiêm phải chấp nhận vị trí á quân. Trong khi đó tại Cúp Quốc gia, đội bóng áo tím khởi đầu bằng chiến thắng 3-0 trước CLB Đồng Tháp ngay trên sân nhà Hàng Đẫy rồi lần lượt vượt qua Xổ số kiến thiết Cần Thơ và Thành phố Hồ Chí Minh bằng những trận thắng áp đảo trước khi đụng độ Viettel trong trận chung kết. Dù Viettel bất ngờ có bàn thắng dẫn trước, đội bóng áo tím đã lội ngược dòng với 2 bàn thắng đẳng cấp của Thái Quý và Quang Hải để bảo vệ thành công danh hiệu vô địch Cúp Quốc gia.

Bước vào V.League 1 2021, đội bóng áo tím đã trình diễn một bộ mặt đáng thất vọng dù được bổ sung một loạt cầu thủ mới như Geovane Magno hay Bruno Cunha. Tới đầu tháng 4 năm 2021, ông Chu Đình Nghiêm đã chính thức từ chức sau thất bại toàn diện 0–2 trước SHB Đà Nẵng.[13] Việc thay huấn luyến viên Chu Đình Nghiêm là quyết định khó khăn với ban lãnh đạo đội bóng khi chính ông là người đã gắn bó với câu lạc bộ từ lúc đội mới thành lập, đi lên từ hạng Ba đến V.League.[14]

Thời kỳ Hàn Quốc hóa (2021–22)

Ngày 28 tháng 4 năm 2021, huấn luyện viên người Hàn Quốc Park Choong-kyun được lưa chọn để thay thế ông Chu Đình Nghiêm, qua đó mở ra thời kỳ Hàn Quốc hóa ở đội bóng thủ đô. Tuy nhiên, ông Park lại khởi đầu khá thất vọng với trận thua 0–1 trước Topenland Bình Định ngay tại sân nhà Hàng Đẫy cùng lối chơi mờ nhạt, thiếu sức sống. Mùa giải 2021 đã phải kết thúc giữa chừng do ảnh hưởng của dịch COVID-19, câu lạc bộ cũng chỉ giành vị trí thứ 7 trên bảng xếp hạng nên đã không đủ điều kiện tham dự AFC Cup năm 2022, mặc dù các đội bóng đứng trên khác như Nam Định, Thanh Hóa, Bình Dương đã từ chối tham dự do vấn đề kinh phí.[15] Đây cũng được coi là một mùa giải thất bại đối với câu lạc bộ; sự sa sút của toàn đội có lúc đã được biểu hiện bằng khoảng cách lên tới 15 điểm giữa đội và kình địch Hoàng Anh Gia Lai.

Ngày 19 tháng 2 năm 2022, đội bóng áo tím đã bất ngờ ra thông báo chấm dứt hợp đồng với Park Choong-kyun ngay trước thềm V.League 2022, với nguyên nhân được cho là chiến thuật và lối chơi của vị huấn luyện viên này không hợp với đội bóng áo tím cũng như sự bất đồng giữa ông với ban lãnh đạo và một số cầu thủ trong đội. Người được chọn thay thế ông Park là trợ lý Chun Jae-ho, người đặt kỳ vọng vào lối chơi tấn công đẹp mặt nhưng thực tế lại chọn lối chơi thực dụng. Đội bóng khởi đầu mùa giải 2022 một cách chậm chạp khi liên tục mất điểm trước các đối thủ yếu là Thành phố Hồ Chí Minh, Nam Định hay SHB Đà Nẵng, thậm chí ngay giữa giai đoạn lượt đi, họ cũng đã nói lời chia tay với ngôi sao sáng nhất của bóng đá Việt Nam - Nguyễn Quang Hải khi anh quyết định sang Pháp đầu quân cho Pau FC ở Ligue 2. Mặc dù vậy, Hà Nội đã lần lượt vượt qua những đối thủ trực tiếp như Hoàng Anh Gia Lai, Hải Phòng hay Topenland Bình Định để kết thúc lượt đi ở vị trí đầu bảng với cách biệt 5 điểm so với đội xếp sau. Trong giai đoạn lượt về, họ lại liên tục sảy chân trước những đối thủ họ từng chiến thắng ở lượt đi là Topenland Bình Định ngay trên sân nhà và Hải Phòng trên sân khách, khiến khoảng cách với nhóm bám đuổi bị rút ngắn xuống còn 2 điểm. Ở lượt trận áp chót, đội đã thắng thuyết phục 2–0 trước Hồng Lĩnh Hà Tĩnh để lên ngôi vô địch giải đấu lần thứ sáu. Ở trận chung kết Cúp Quốc gia 2022, câu lạc bộ Hà Nội cũng đã vượt qua Topenland Bình Định với chiến thắng 2–0 để giành danh hiệu Cúp Quốc gia thứ 3 liên tiếp.

Thời kỳ châu Âu hóa với Božidar Bandović

Ngày 4 tháng 1 năm 2023, câu lạc bộ Hà Nội đã bổ nhiệm Božidar Bandović làm huấn luyện viên trưởng từ mùa giải 2023 với bản hợp đồng có thời hạn 1 năm.[16]Ông Bandovic cũng được giao quyền tự đề xuất và lựa chọn cầu thủ phù hợp với triết lý bóng đá của mình. Dưới sự dẫn dắt của ông Bandović, đội bóng áo tím đã vượt qua Hải Phòng với tỉ số 1-0 để giành Siêu cúp quốc gia lần thứ 5 trong lịch sử của mình.[17]

Lối chơi của ông Bandovic mang phong cách hiện đại, khoa học với sơ đồ 3-1-4-1 thay vì 4-1-4-1 như những người tiền nhiệm trước đó. HLV người Montenegro muốn tận dụng tối đa những con người chất lượng ở hàng thủ, trong đó phải kể đến bộ ba trung vệ đội tuyển quốc gia gồm Đỗ Duy Mạnh, Nguyễn Thành Chung và Bùi Hoàng Việt Anh trong khi các cầu thủ chạy cánh như Nguyễn Văn Vĩ, Trần Văn Kiên có thêm cơ hội di chuyển vào trung lộ hoặc xâm nhập vòng cấm. Cùng với đó là việc thiết lập các bài đá phạt góc kiểu “ruồi bâu” nhằm tận dụng chiều cao của các trung vệ và tiền đạo.[18]

Tuy nhiên, việc để trắng tay ở đấu trường quốc nội cũng như thi đấu tệ hại tại đấu trường AFC Champions League 2023–24 khi nhận tới 10 bàn thua chỉ sau 2 trận đấu, ông Božidar Bandović đã bị đội bóng sa thải vào ngày 7 tháng 10 năm 2023. Trong thời gian Bandović cầm quyền, Hà Nội đã trải qua 24 trận với 12 chiến thắng (50%), hòa 5 (21%) và để thua 7 (29%).[19]

Hậu Božidar Bandović

Sau khi Božidar Bandović bị sa thải, trợ lý Lê Đức Tuấn trở thành huấn luyện viên tạm quyền và các cầu thủ nội được ưu tiên sử dụng trở lại. Tuy nhiên, HLV Lê Đức Tuấn khởi đầu bằng trận thua 1–2 trước Vũ Hán Tam Trấn trên sân khách và đặc biệt là trận thua ngược 3–5 ngay tại sân Hàng Đẫy trước kình địch Hải Phòng ở vòng 2 V.League 2023–24.[20] Ngay sau trận đấu, đội bóng áo tím đã bổ nhiệm ông Đinh Thế Nam làm huấn luyện viên tạm quyền của đội bóng từ ngày 30/10/2023.[21]

Tại đấu trường châu lục AFC Champions League 2023–24, đại diện Việt Nam thi đấu quả cảm, kiên cường và thuyết phục ở lượt về bảng J trước các đối thủ rất mạnh của giải đấu hàng đầu châu Á, đặc biệt là hai chiến thắngđầy cảm xúc trên sân nhà Mỹ Đình với cùng tỉ số 2-1 trước nhà vô địch China Super League 2022 Wuhan Three Town và trước đương kim vô địch AFC Champions League 2022 là Urawa Red Diamond. Kết thúc vòng bảng, Hà Nội FC xếp ở vị trí thứ 3 bảng J sau Pohang Steeler, Urawa Red Diamon với 2 chiến thắng, 4 trận thua, có được 6 điểm, ghi được 7 bàn thắng và 16 bàn thua. Trong đó tiền đạo Phạm Tuấn Hải đã có được 4 pha lập công.[22]

Chuyển giao thế hệ với Iwamasa Daiki

Ngày 13 tháng 1 năm 2024, đội bóng Thủ đô đạt được thỏa thuận ký hợp đồng với hậu vệ lừng danh của CLB Kashima Antlers là ông Iwamasa Daiki (Nhật Bản) với kỳ vọng sẽ đưa đội bóng thủ đô trở lại với cuộc đua vô địch của mùa giải 2023–2024[23]